巧克力囊肿和激素是有一定关系的，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，由于内异症是激素依赖性疾病，所以在自然绝经和人工绝经包括药物作用、放射线照射或者手术切除双侧卵巢后内异病灶会逐渐萎缩、吸收。妊娠或者使用性激素的抑制卵巢功能，也可暂时的阻止疾病发展，虽然内异症在形态学上呈良性表现，但在临床行为学上具有类似恶性肿瘤的特点，如种植、侵袭以及远处转移等等。 卵巢巧克力囊肿是指卵巢型的内异症，卵巢最容易被异位内膜所侵犯，约百分之八十的病例累及一侧，百分之五十的病变会累及双侧卵巢。巧克力囊肿表面呈灰蓝色，大小不一，囊壁反复的破裂，破裂后囊腔内容物会刺激腹膜发生局部炎性反应和组织纤维化，所以容易导致卵巢与临近器官紧密粘连。