阿米巴病可通过显微镜下对粪便检查确诊。 显微镜下可以很清晰的发现阿米巴原虫即可确诊，其次，结肠镜检查也可明确感染阿米巴病，结肠镜检查不仅检查阿米巴感染可以确诊，还可以对阿米巴原虫对肠道的侵害程度做出评估，还可以通过验血来检测阿米巴抗原，这种方法可以有效诊断阿米巴感染，血液检测方法有间接血凝，艾丽莎间接荧光抗体、对流免疫电泳琼脂扩散沉淀试验等，它用阿米巴抗原检测特异性抗体。