首先巧卵巢巧克力囊肿如果直径大于四厘米，这种情况一般建议还是手术治疗的。因为巧克力囊肿随着月经的来潮会逐渐增大，囊内压力增加会容易破裂，囊内容物与周围的粘连而引起不孕。如果小的巧克力囊肿可以应用口服避孕药或者是孕激素治疗，抑制排卵，促使子宫内膜萎缩从而达到治疗巧克力囊肿的目的。