巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢而引起的，又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是有可能会影响卵子质量的。因为巧克力囊肿部分的卵巢如果比较大，会影响卵泡的发育和生长，从而导致卵子质量差或者不排卵，引起女性不孕。所以一旦发现，应该及时手术治疗。