支气管扩张肺部感染的致病菌包括细菌、真菌、分枝杆菌以及病毒。其中，细菌感染最为常见。细菌感染包括铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、肺炎克雷伯菌等。对于无铜绿假单胞菌感染高危因素的病人，应该立即给予经验性使用对流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌等细菌有活性的抗生素，如阿莫西林/克拉维酸钾、第二代、第三代头孢等，对于存在铜绿假单胞菌感染的病人，选择具有抗铜绿假单胞菌活性的B-内酰胺类药物、碳氢霉烯类药物以及喹诺酮类药物，可以单独使用或联合应用。