卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，而多囊卵巢属于内分泌疾病。卵巢巧克力囊肿主要是子宫内膜组织的腺体和间质出现在子宫体以外的部位，其中以卵巢和宫骶韧带最常见，也就是子宫内膜异位症。而异位的子宫内膜会继续的生长、蔓延，陈旧性的血液聚集在囊腔内，会形成咖啡色粘稠液体似巧克力，也就俗称卵巢巧克力囊肿，囊肿会有周期性的出血，囊腔压力增大，囊壁易反复破裂。而多囊卵巢是在临床上以雄激素过高的临床或者是生化表现，持续无排卵，卵巢呈多囊改变为特征的，常伴有胰岛素抵抗以及肥胖。