红斑狼疮长期吃药的副作用主要有肥胖，电解质紊乱，骨质疏松以及肝肾功能损害，还有眼睛的损害，红斑狼疮长期的用药主要是糖皮质激素及免疫抑制剂，糖皮质激素常见的副作用主要有肥胖，电解质紊乱以及骨质疏松，甚至还可以出现股骨头坏死，高血压，糖尿病，而免疫抑制剂常见的药物副作用主要是肝功能异常，肾脏损害以及骨髓抑制，可以通过监测血常规，肝肾功进行了解。