导致自然流产的原因有胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素。 目前研究发现，大多数的流产，大概有2/3的自然流产是由于受精卵的基因受损，胚胎畸形或者是发育不良引起的。而母体方面的因素，如孕妇高热、严重贫血、高血压、肾炎，或者是黄体功能不足、甲低、免疫功能异常、畸形子宫、宫颈内口松弛、宫颈过短，或是受到撞击，有不良习惯，吸烟、酗酒、吸毒等也可导致流产。而父亲方面的因素主要是精子的染色体异常，可以导致自然流产。环境因素，像过多的接触化学物质，砷、铅、甲醛、苯等等，或者是物理性的放射因素，也可以导致流产。