甲减是会影响到试管卵子的质量的，甲减不仅能够影响到试管卵子质量，还会导致试管婴儿着床失败等情况出现，所以在做试管婴儿的孕妇中，建议将甲功严格的控制在2.5以下，在准备做试管，同时，在做之前，应该做甲状腺功能、泌乳素、胰岛素抵抗等相关内分泌激素的检查，了解是否有内分泌激素的异常分泌，导致着床异常以及卵子质量差，导致早产、流产、着床失败等情况出现，所以甲状腺功能减退等激素异常，都会影响到试管卵子的质量，应该进行相应激素的调整。