肛周脓肿手术后的后遗症是有可能发生肛门失禁。 高位肛周脓肿手术时切断或者误伤肛管直肠环以及切除过多的肛门周围组织，以致造成肛门失禁。复杂性肛周脓肿同时切断肛门左右两侧的外括约肌深层以及两处以上的切开肛门，都可以影响肛门功能而造成不完全性肛门失禁。由于局部感染或者挂线不当瘢痕形成过大，肛门收缩无力形成感觉性肛门失禁。因此手术室解剖必须清楚，对肛周脓肿的走行，内口的深浅以及肛管直肠环的关系，需在术前有详细的了解，防止盲目开刀，给患者造成巨大的痛苦。