肛瘘急性发作期可以输入大量的消炎药物来缓解肛门的疼痛，红肿的症状。 当脓液随着肛瘘的外口流出时，疼痛红肿症状会慢慢缓解，但是药物治疗只能缓解症状，以后上火的时候，肛瘘会反反复复发作，所以药物治疗肛瘘没有太大的临床意义，而且反复发作十年以上的肛瘘有癌变的可能，想要根治肛瘘，必须要进行手术治疗，一般采用一次性根治手术，把肛瘘的内外口全部切开引流，而不只是单纯的放出脓液，单纯的只做脓肿的切开引流，后期还要进行二次根治性手术，术后还要在脓腔内放置引流条，引出脓性分泌物，避免假性愈合。