两者可以一起喝，双黄连具有疏风解表、清热解毒之功效，临床上主要应用于感受风热之邪所致的感冒，症见发热、咳嗽、咳痰、咽干、咽痛；藿香正气水具有解表化湿、理气和中之功效，临床上主要用于暑湿感冒的治疗，症见:头昏沉重、胸痞满闷、呕吐泄泻及胃肠型感冒见上症者。