眼部的扁平疣这个部位比较敏感，它是接触眼睛，所以说用药的话可能效果也是会很好的，但是容易出现一些刺激眼睛的结膜的现象，这个时候就会导致过敏，或者是眼睛的痒感，或者疼痛的感觉，如果使用一些药膏，比如阿昔洛韦或者更昔洛韦凝胶或者干扰素凝胶，它的效果还是比较好的，但是治疗起来可能会有一些不适的症状出现，所以尽量不要用药膏进行治疗，这个时候应该采用一些物理的方法进行治疗，首选的治疗方法就是用液氮冷冻进行治疗，或者使用电刀切除的方法治疗，但是也可以用激光切除的方法进行治疗，这些治疗的方式是直接一点的，但是效果也是不错的，并且不会对眼睛造成什么危害，并且需要在医生的指导下才能使用。