巧克力囊肿手术后为了预防复发，一般建议应用促性腺激素释放激素激动剂，常用的药物为戈舍瑞林，或者是亮丙瑞琳，根据巧克力囊肿异位灶的情况来决定疗程一般3到6个月，如果是口服的药物可以选择口服短效避孕药或者是高效孕激素比如孕三烯酮，抑制排卵促进子宫内膜的萎缩，降低巧克力囊肿的复发。