干扰素用药后个别会出现轻微的腹部酸痛，偶尔会有一过性的发热，外阴阴道灼热感，偶有头痛或肌肉酸痛，或者血清转氨酶的升高，极少数会有白细胞和中性粒细胞的减少。干扰素治疗HPV感染的副作用很少发生，多数情况HPV在机体免疫力强的时候可以转阴。