首先引起两种病的病原菌就不同，鹅口疮属于白色念珠菌感染。一般患有鹅口疮的宝宝，进食正常，鹅口疮一般没有疼痛的症状，没有发烧的症状，不影响宝宝的食欲。而疱疹性咽峡炎属于柯萨奇病毒A组导致的，宝宝有疼痛的症状和流涎的症状，并且宝宝会出现反复发烧，吞咽疼痛等症状，会影响宝宝的进食。两者疾病第2个区别是治疗的方法不同。一般情况下，鹅口疮可以用2%的碳酸氢钠溶液护理口腔严重一点的鹅口疮，可以用制霉菌素鱼肝油涂抹。而疱疹性咽峡炎需要给宝宝口服抗病毒的药物和用干扰素喷雾剂治疗效果不错。