临床上能够引起凌晨三四点咳嗽的原因有很多。主要考虑可能是呼吸系统相关疾病引起的症状。可能的呼吸系统相关疾病包括:急慢性咽喉炎、急性支气管炎、慢性支气管炎急性发作、肺气肿、支气管扩张、肺结核、肺脓肿和肺恶性肿瘤等。想要明确病因，需要进行相关检查。包括肺部CT检查、电子喉镜检查、结核菌素实验、肺肿瘤标志物检查等。根据检查结果，才可以明确病因，然后再对症治疗。