巧克力囊肿如果复发了，建议手术治疗，一般首选腹腔镜下巧克力囊肿剥除术。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，如果不及时治疗，有可能造成破裂，女性不孕或者是激发其他的盆腔内异症。所以，当巧克力囊肿再次复发时是建议及时治疗的。腹腔镜下巧克力囊肿剥除术是一个微创手术具有创伤小，恢复快的特点，所以患者不需要太担心，这是一个小手术，一般住院两三天就可以出院。所以发现后应该及时住院手术治疗。