肛瘘的内口自愈是很难的，因为肛瘘这种疾病是感染性疾病。内口无法进行处理，一旦有炎症刺激，它就会反复的发作，不断有炎症从内口进入瘘道、瘘管，炎症持续存在内口就很难自愈。所以针对于肛瘘的治疗，最好的办法就是手术治疗，手术将瘘管切除或者切开，同时将内口结扎并切除。这样内口就不会再有炎症的刺激，会逐渐愈合的，肛瘘内口存在炎症持续的刺激肉芽组织，是自己无法愈合的，这就导致了肛瘘会反复的发作，持续的存在。