长时间跑步后膝盖疼多为膝关节周围的韧带出现无菌性的炎性反应而引起的疼痛，如髂胫束炎、股二头肌肌腱炎等，在出现疼痛后应多注意休息，暂时尽量减少跑步的频率，疼痛部位可以外用扶他林软膏缓解疼痛，如果是伴有膝关节内的疼痛或弹响等，有可能是关节内的半月板有损伤引起，这种情况应尽早到医院就诊，行膝关节的核磁共振检查明确诊断，如果是一度或二度的半月板损伤，一般不需要特殊处理，如果是三度的半月板损伤多需要进行手术治疗，不然撕裂的半月板会长期卡压膝关节，导致膝关节磨损加重而引发膝关节炎。