小孩子发烧39摄氏度的时候，肚子疼，有可能是两种情况导致的： 第一是孩子发热的时候，胃肠功能会受到抑制，孩子容易出现积食和消化不良，就容易出现腹痛、腹胀的情况；还有一种可能性，是因为感染导致发热的同时，导致腹腔的淋巴结肿大，而肿大的淋巴结可以刺激腹部的神经，引起孩子腹痛的情况；针对这两种情况，我们还是主要是治疗原发疾病，控制导致孩子发热的感染因素。当感染得到控制以后，孩子一方面体温会有所好转；另一方面，孩子腹腔淋巴结肿大的情况也会逐渐的恢复。当淋巴结缩小以后，局部的刺激性疼痛的症状就会有所减轻。必要的时候还可以让孩子吃一点益生菌来调节肠道，促进胃肠功能的恢复。