16岁三个月没来月经很常见，但是要注意做个彩超检查，看子宫内膜的厚度，如果子宫内膜比较厚的话，建议服用黄体酮让月经来潮，减轻子宫内膜厚引起的阴道大出血。如果经常出现月经不规律的话，也建议完善性激素六项的检查，如果明显的内分泌紊乱者建议调节月经。