乙肝小三阳患者如果长期出现两肋疼痛，首先需要完善检查明确疼痛病因，给予抽血化验肝功能、HBVDNA、主要还需要做腹部影像学检查，排除胆囊炎、胆石症等胆道系统以及胃部疾患。根据具体的情况给予保肝、消炎利胆片、保护胃粘膜等对症治疗。