巧克力囊肿术后为了预防复发，一般建议应用促性腺激素释放激素激动剂，该药物可以导致卵巢激素水平明显下降出现暂时性的闭经，目前常用的药物有亮丙瑞林，戈舍瑞林，一般从月经第一日皮下注射后，每隔28日注射一次，共3到6次。用药期间患者可出现潮热，阴道干涩，性欲减退以及骨质丢失等绝经期的症状。多数停药后可自行消失。