巧克力囊肿二次复发了，那要看囊肿的大小，如果囊肿很小的话是可以观察的，也可以进行保守治疗，比如皮下注射亮丙瑞林或者是口服孕三烯酮进行治疗，用这些药物只能控制囊肿往大增长，但是不能治愈囊肿的。如果囊肿超过5个厘米了，那还是要选择手术进行治疗的，可以选择微创手术进行治疗。因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，到目前为止发病原因还不是很清楚的，但是属于激素依赖性疾病。