更年期卵巢囊肿能不能自行消除这是不一定的，因为有些是生理性的囊肿，可能来两次或一次月经就可以自然消除，但如果有些是病理性的囊肿，比如卵巢囊腺瘤，这种情况不会随着月经而消失，需要定期复查，必要时需要手术取出并送病理化验，了解其良恶性。