巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症到目前为止原因还不是很清楚的，但研究表明属于激素依赖性的疾病。怀孕后由于卵巢的分泌功能受到抑制，所以对巧克力囊肿也是有治疗作用的，如果正常分娩之后来了月经，有可能会导致巧克力囊肿复发的，因为这个时候卵巢功能恢复正常了。