巧克力囊肿经过超声检查是可以检查出来的。较小的卵巢巧克力囊肿经阴道检查，可以在囊肿外侧见到部分正常含卵泡的卵巢组织，借此判断囊肿来源于卵巢。但当巧克力囊肿比较大时，则难以见到正常的卵巢组织。巧克力囊肿呈圆形或者是椭圆形，可以是单发或者多发。囊壁外缘较清晰，但内壁毛糙。囊肿内回声根据月经周期以及病程长短不同而有一定的特征性改变。如果病程不长，在月经前期可表现为均匀稀疏的低回声，而典型的表现是均匀云雾状低回声，还有的会表现为混合云雾状回声，以及实性为主的不均回升。