肛瘘的切除一般是沿着瘘管完整的将瘘管切除，并同时将内口结扎切除。还有的是肛瘘切开，将瘘管完整的切开，内口结扎切掉，用刮勺将肛瘘的瘘管壁的肉芽组织进行刮除干净，留下新增的创面。这样再慢慢地愈合，肛瘘的恢复，快慢主要还是跟刚漏的严重程度有关，比较浅的，单一的肛瘘，恢复的时间相对要快一些，如果是比较深的。比较复杂的肛瘘或者是需要挂线肛瘘，恢复起来也是比较慢的，通常在复发上复杂高位的肛瘘复发的概率要比低位的肛瘘要高一些。