巧克力囊肿和多囊卵巢是两种完全不同的疾病，两者具体的区别如下： 1、巧克力囊肿是导致女性痛经和不孕比较常见的一种疾病，它的发生主要是因为子宫内膜种植于卵巢所引起的。卵巢异位的子宫内膜随月经会出现周期性的出血，这些血液积聚于卵巢形成囊肿，因其囊液类似于巧克力，故而称为巧克力囊肿。 2、多囊卵巢可能是多囊卵巢综合征的一种表现，也可能是卵巢卵泡发育过程中形成的一种表现，具体情况需要结合女性激素6项，AMH（也就是抗苗勒氏激素）来进行判断。如果是卵泡发育的表现，密切观察就好；如果是多囊卵巢综合症，需要系统地进行治疗，否则有可能会影响生育。