巧克力囊肿怀孕后不一定会消失，但是较孕前不会有明显增长或者应当缩小。巧克力囊肿为子宫内膜异位症中一种，属卵巢性异位症，是异位的子宫内膜在卵巢皮质内生长，形成单个或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿，囊肿表面呈灰蓝色、大小不一、直径多在5厘米左右。典型情况下陈旧性血液聚集在囊内形成咖啡色粘稠液体似巧克力样，所以俗称卵巢巧克力囊肿。每当月经周期时，异位的子宫内膜也会出现脱落出血的情况，出血聚集于卵巢巧囊内部无法排出，所以巧囊会逐渐增大。在怀孕后不来月经，巧囊不会继续增大，甚至在孕期会出现萎缩变小。如果孕前体积较小的巧囊，在怀孕后可能会消失。