多囊卵巢综合症和卵巢巧克力囊肿完全不一样，虽然二者都会导致女性的不孕，但是二者无论从病理生理，临床表现以及病因都完全不同。所谓的卵巢巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜侵犯卵巢皮质，并在室内生长，反复周期性出血形成单个或者多个囊肿型的典型病变，称为卵巢子宫内膜异位囊肿。囊肿内有陈旧性的血液，所以流出时会形似巧克力样。而多囊卵巢综合症是以慢性无排卵和高雄激素为特征的疾病，是育龄期常见的内分泌代谢疾病，会导致患者月经不调、不孕、多毛、肥胖等等。