巧克力囊肿恶变的几率很低，但是巧克力囊肿随着月经来潮，逐渐增大并且出现周期性出血，囊内压增加囊壁易反复破裂，破裂后囊内容物刺激腹膜发生局部炎症反应和组织纤维化，导致卵巢与邻近器官组织紧密粘连，造成囊肿固定，不活动，从而引起慢性腹痛以及继发是不孕，因此巧克力囊肿多数建议手术。