如果肛瘘存在内口如何治疗，最好的办法是通过手术将肛瘘瘘管切除或者切开。对内口进行切掉，或者是结扎，这样是比较有效的措施。除了手术其他方面的措施对于肛瘘内口的愈合是没有太好的办法的，因为无论是药物还是一些保守治疗的措施，都无法处理肛瘘的内口。如果肛瘘的内口一直存在，即便外口偶尔会愈合，它的炎症也会反复发作的，肛瘘外口也会因此而反复破溃，这样是不会愈合的。所以，促进肛瘘内口的愈合，最好的办法就是将内口找到切掉，或者是结扎掉，让新的创面重新愈合。