巧克力囊肿的发生和经血逆流有一定关系，另外，巧克力囊肿具有一定的家族聚集性，该病存在遗传易感性。 巧克力囊肿是激素依赖性疾病，在自然绝经和人工绝经以后，巧克力囊肿可逐渐萎缩，吸收。妊娠或者使用性激素抑制卵巢功能，可暂时阻止疾病发展。典型临床表现为继发性痛经进行性加重，疼痛多位于下腹，腰骶及盆腔中部，有时可放射至会阴部，肛门以及大腿，常于月经来潮时出现并持续至整个月经期。治疗可以先使用药物治疗，常用的药物有口服避孕药，孕激素、米非司酮等，必要时进行手术治疗。