子宫巧克力囊肿的原因有第一，经血逆流，约70%左右的妇女有经血逆流，在经血或在早卵泡期的腹腔液中均可见存活的内膜细胞。第二，先天性闭锁或宫颈狭窄等经血排出受阻，发病率会高。第三，生育少生育晚的妇女发病明显高于生育多和生育早者。近年来，子宫巧克力囊肿的发病率呈明显上升趋势，与社会经济状况呈正相关，与剖宫产率增高，人工流产与宫腹腔镜操作增多有关。另外，子宫巧克力囊肿的发生具有一定的家族聚集性，某些患者的发病可能与遗传有关系。