右侧肩胛骨部位的疼痛原因较多，比较常见的有1、肩胛骨自身的疾病，如肩胛盂囊肿、肩胛上神经炎等，多是肩胛上神经的病变，会伴有局部的肌肉萎缩、皮肤麻木等症状；2、肺部疾患，如肺炎感染灶在肺尖部位时，可有肩胛骨部位的疼痛，多伴有咳嗽、呼吸困难等症状，可通过x线片或者Ct进行诊断，3、胆囊炎等，胆囊炎在发作时会有背后肩胛骨部位的放射性疼痛，需要通过B超等进行诊断。