巧克力囊肿在怀孕的情况下是有可能会自愈的。 巧克力囊肿主要是指子宫内膜异位症的一种，它是子宫内膜异位到卵巢，形成了一个囊肿，因为里面的颜色比较像巧克力的颜色，所以又叫做巧克力的囊肿，在女性怀孕之后，怀孕期间不会来月经，所以这些异位的子宫内膜不会出血或者是生长，可能会出现慢慢的萎缩，从而让巧克力囊肿自行恢复，但是如果没有一些特殊情况或者是不用药的情况下，巧克力囊肿会随着月经的来潮，每次会不停地有子宫内膜的出血，所以会慢慢的长大也就没有自愈的可能性，巧克力囊肿的主要症状就是痛经，在患者治疗期间主要是改善痛经的症状。