目前艾滋病阻断药的副作用比较少，比较常见的有消化道不良反应，比如恶心，呕吐，腹痛，腹胀等，神经系统不良反应有头晕，走路不稳，失眠，精神萎靡等，还可以导致肝肾毒性，但是大多数人可以耐受，不要因为副作用而终止服药。艾滋病阻断药的副作用一般停用药物后就会消失，不会持续存在。