肾母细胞瘤是由没有发育分化成熟的肾脏细胞发展而来。 目前确切病因尚不明确，大部分肾母细胞瘤病例没有遗传性，肿瘤的发生是由于基因相关的变异导致细胞异常的生长增殖形成肿瘤，导致肾母细胞瘤的基因变异，目前并不完全明确。在胎儿的发育过程中，可能会出现一些没有发育分化成熟的肾脏细胞，称为肾源性剩余。通常情况下，这些细胞会在孩子3到4岁时发育成熟。但是在少数患者当中，这些细胞会出现不正常的增殖，从而发展成为肾母细胞瘤。