发烧并且腰两侧有酸痛，可能是以下几种情况：

第一，有可能是病毒感染而导致的感冒。可以引起全身肌肉的酸痛，这就包括腰大肌。但是这种情况，腰部酸痛并不明显突出。第二种情况有可能是肾病综合症。此时，腰部酸痛会非常明显，这是由于腰大肌大量的血管渗出以后出现水肿而导致的。因此，它比其他部位的肌肉酸痛会更加明显。第三。有可能是肾结石或者肾积水的情况。肾结石，肾积水会出现腰部的酸痛，如果有感染，就会导致发烧。通常在这种情况下，患者会有畏寒寒战。并且伴有明显的腰部酸痛。出现以上症状的时候应该及时到医院进行就诊，及早明确诊断进行治疗。