巧克力囊肿一般不会压迫膀胱，但是膀胱内异症常在月经期，可出现尿痛、尿频，但都被痛经症状掩盖而被忽视。

盆腔外任何部位有异位内膜种植生长时，均可在局部出现周期性疼痛，出血和肿块，并出现相应症状。当异位病灶侵犯和压迫输尿管时，可引起输尿管狭窄，阻塞，出现腰疼，血尿，甚至形成肾盂积水和继发性肾萎缩。巧克力囊肿的治疗应根据患者年龄症状，病变部位和范围，以及对生理要求等加以选择，强调治疗个体化。常使用的药物有非甾体类抗炎药，布洛芬，口服避孕药，孕激素，米非司酮，孕三烯酮，达那唑，亮丙瑞林。