病理性囊肿和生理性囊肿的区别在于女性卵巢囊肿有生理性囊肿和病理性囊肿。生理性囊肿是因为排卵期发育成熟的卵泡排出卵子后黄体萎缩不全出现的症状，一般不需要特殊处理，下次月经后会自然消失。病理性囊肿有良性囊肿和恶性囊肿，需要针对具体情况对症处理。女性做B超检查发现有卵巢囊肿后，如果没有出现腹痛等症状，暂时不需要处理，可以等月经过后做B超复查，观察囊肿是否会变小或者消失。如果出现变小或者消失，说明是生理性囊肿，不需要特殊处理，如果月经过后，囊肿没有明显变化，说明是病理性囊肿。根据具体情况，采取手术治疗。