头疼需要做核磁共振检查时，主要是排除一些颅内的器质性疾患。

头痛只是作为一种症状，其原因和疾病是很多的。比如各种非特异性的头痛，如偏头痛、丛集性头痛、紧张型头痛等。虽然头疼也很剧烈，但是没有责任性的病灶，在进行颅脑磁共振检查时通常没有异常。但检查的目的主要是排除脑部器质性病变，以进行鉴别诊断。其他一些头疼如青光眼、颈椎病等，脑部也是没有异常病变的，但颈椎疾患所引起的头疼可以通过颈椎的磁共振检查帮助诊断。脑部疾患如脑炎、脑肿瘤占位，这些脑部的病变所引起的头疼，可以借助于颅脑磁共振进行检查。