皮下脂肪瘤和皮下囊肿的主要区别在于皮下囊肿多数是一些囊性的病变，而脂肪瘤是实性的病变，也就是实性的肿瘤。

皮下囊肿一般多见于一些组织细胞出血或者有一些内分泌功能的内皮细胞出现的囊液，被局部组织包裹，最终形成，有时也可能形成一些假包膜的囊肿。脂肪瘤主要表现为脂肪细胞异常增生以及在各种诱因下形成脂肪瘤样的改变，最终形成的脂肪瘤的表现。对于皮下囊肿和脂肪瘤，无论哪一种原因导致的，都应该到医院进行相关的辅助检查，找到病因以后采取合适的手术治疗。