头隐隐作痛的原因是很多的，有些比如精神情绪因素或睡眠原因可以导致头隐隐作痛，如神经衰弱、焦虑、抑郁的患者，或者失眠、睡眠质量差的患者，可以有头部隐隐作痛的情况。

有些则是要注意排查颅内的疾患，这些疾患包括脑血管痉挛、脑外伤、脑血管病、脑占位病变等，要结合颅脑的影像学检查进行排除。

有些头部隐隐作痛是和五官科的疾患有关，当有鼻窦炎、中耳炎、牙周炎等疾患时可以继发引起头部的疼痛，还有一些头部出现疼痛和血压过高、颈椎疾患等因素有关。

另外有些头隐隐作痛是和各种非特异性的原因引起的非特异性疼痛，这些非特异性的原因常常包括疲劳、睡眠不足、受寒着凉，长时间不通风的环境、长时间声光刺激、某些饮食或药物因素影响、女性生理期激素水平的变化等，还有包括感冒在内的普通炎症感染因素都可以有造成头部隐隐作痛的表现。