怀孕三个月，单纯性出现腰痛的症状是不能够知道是否有胚胎停育的，需要结合其他的症状以及辅助检查才能确定。因为怀孕后出现腰部疼痛的症状原因有很多，多数是生理性的因素，怀孕后由于激素水平代谢导致内分泌失调，引起骨质疏松，可能还会引起腰部的肌肉充血水肿引起无菌性的炎症。如果之前患有腰椎退行性病变，怀孕以后会导致局部压力变大，诱发疼痛的症状。是否存在胚胎停育，需要检查B超以及hcg，孕酮数值来进行确定。