先天性心脏病有一定的遗传倾向，许多证据表明遗传因素对先天性心脏病有一定的影响，患先天性心脏病的父母，子女的先天性心脏病患病率要远高于一般人群。

遗传学研究认为，多数先天性心脏病是由多个基因与环境因素相互作用形成。也就是说父母有先天性心脏病，虽然子女发生的几率增高，但并不能直接导致子女得病。孕期要积极预防风疹、流感等风疹病毒性疾病，定期进行产前筛查，不随便使用药物。大多数先天性心脏病是多基因的遗传缺陷，部分为单基因遗传缺陷或染色体畸变所致。单基因遗传缺陷是由单个基因异常导致的，包括肺动脉瓣狭窄、瓣膜缺损、室间隔缺损等。多基因遗传缺陷是指多对致病基因的累积效应导致疾病出现，是遗传因素与环境因素共同作用结果。在临床中完全性房室间隔缺损等疾病就是由多基因缺陷造成的。