肝癌最常见的肿瘤标志物是甲胎蛋白AFP。

甲胎蛋白广泛用于肝癌的筛查，治疗前后的疗效评价，治疗后的监测随访等应用。AFP大于400纳克每毫升作为诊断肝癌的标准，同时要排除其他可以使甲胎蛋白升高的因素，比如妊娠期，生殖腺胚胎瘤等等。其他分子标志物包括异常的凝血酶原，相关的转氨酶升高等等也可作为肝癌的辅助诊断，但缺乏特异性，不能作为主要的诊断依据。因此甲胎蛋白是重要的监测肝癌的项目之一。