运动后膝盖后面的腿窝酸疼，多考虑以下几点方面原因。

第一点，多考虑是长期干重体力活、运动过量、不正确姿势导致的肌筋膜炎，这种疼痛以活动后加重，休息后缓解。整体来说它是运动劳损性改变，建议以休息为主，同时加以热敷。必要时可给予非甾体消炎药、活血化瘀药、局部理疗药物进行治疗，一般问题不大。第二个方面，多考虑是腰椎方面问题，腰椎的骨质增生、韧带钙化、椎间盘突出压迫中央管脊髓或者神经根，引起相关神经压迫症状，建议行腰椎正侧位片、腰椎核磁共振、四肢肌电图检查来明确相关诊断，一般先以药物和改善患者生活方式进行治疗。必要时完善腰椎核磁四肢肌电图检查后，行手术进行治疗。